Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης Θεολογική Σχολή: Βρίσκεται στη Θεσσαλονίκη και είναι η μεγαλύτερη και πιο διάσημη θεολογική σχολή στην Ελλάδα.
Πανεπιστημιακή Εκκλησιαστική Ακαδημία της Αθήνας: Γνωστή και ως Θεολογική Σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, είναι μία από τις παλαιότερες και πιο αναγνωρισμένες θεολογικές σχολές στην Ελλάδα.
Πανεπιστημιακή Εκκλησιαστική Ακαδημία Ιωαννίνων: Ιδρύθηκε το 1994 και είναι μια σχετικά νέα θεολογική ακαδημία στην Ελλάδα, με έδρα την πόλη των Ιωαννίνων.
Πανεπιστημιακή Εκκλησιαστική Ακαδημία της Κρήτης: Βρίσκεται στην πόλη του Ηρακλείου και είναι η μόνη εκκλησιαστική ακαδημία στην Ελλάδα που προσφέρει σπουδές στη λειτουργική μουσική.
Θεολογική Σχολή της Χάλκης: Βρίσκεται στο νησί της Χάλκης στη Θάλασσα του Μαρμαρά και ήταν η κύρια θεολογική σχολή του Οικουμενικού Πατριαρχείου Κωνσταντινούπολης μέχρι το κλείσιμό της από την τουρκική κυβέρνηση το 1971. Ωστόσο, συνεχίζει να λειτουργεί ως ερευνητικό κέντρο και προσφέρει περιστασιακά σεμινάρια και μαθήματα.
Πατριαρχικό Ινστιτούτο Πατερικών Μελετών: Το Ινστιτούτο αυτό βρίσκεται στη Θεσσαλονίκη, είναι συνδεδεμένο με το Οικουμενικό Πατριαρχείο Κωνσταντινούπολης και είναι αφιερωμένο στη μελέτη των Πατέρων της Εκκλησίας και στην προώθηση της ορθόδοξης θεολογίας.
Θεολογική Σχολή του Ιονίου Πανεπιστημίου: Βρίσκεται στην Κέρκυρα και προσφέρει προγράμματα σχετικά με την ορθόδοξη θεολογία, με έμφαση στην ιστορία και τον πολιτισμό των Ιονίων Νήσων.